El Manual Operativo del proyecto Pacífico Biocultural (GCP/COL/061/GFF) establece los arreglos institucionales y operativos para su ejecución, definiendo a MinAmbiente como entidad ejecutora nacional y a FAO como agencia implementadora del GEF. La gobernanza se organiza en tres niveles: Comité Directivo (máximo órgano de decisión, con representantes de MinAmbiente, PNN, CAR, SIRAP Pacífico, comunidades afro e indígenas, y FAO), Comité Técnico Regional (orientación técnica, en el marco del SIRAP Pacífico) y Comités Técnicos de Mosaico (un por cada MUCB). La Unidad de Implementación, liderada por un Coordinador General, ejecuta los Planes Operativos Anuales aprobados por el Comité Directivo. El manual incluye disposiciones financieras (gestión de recursos GEF bajo normas FAO), de monitoreo y evaluación (informes semestrales IPP, anuales PIR, Revisión de Medio Término y Evaluación Final), de comunicación y visibilidad (con reconocimiento a GEF, MinAmbiente, FAO y socios del SIRAP Pacífico), y un mecanismo de quejas y reclamos en el marco del Consentimiento Libre, Previo e Informado (CLPI).